“夏亚的反叛”（第二次新吉翁战争）结束12年后，时间来到了宇宙世纪105年（U.C.0105）。面对强权统治与暴政，一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织应运而生，他们以暗杀政府高官的激进方式奋起反抗。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。神秘少女琪琪·安达露西亚的出现打破了哈萨维内心的平静。她所展现出的超常奇异力量，无情地唤醒了哈萨维深埋心底的往昔创伤。尽管被少女隐晦晦涩的言语所动摇与捉弄，哈萨维依然坚定信念，为即将对阿德莱德会议发动的空袭做准备，决心实现马夫蒂的目标并让过去的阴影得以安息。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，正紧锣密鼓地部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划。此时，刑事警察机构的汉德利·约克森向他抛出了一份秘密协议的提案。在哈萨维与凯奈斯各自为信念与目标展开行动之时，琪琪也为了履行属于她自己的使命，毅然踏上了前往香港的旅程。命运的齿轮加速咬合，所有人的轨迹即将在动荡的宇宙世纪中再次交汇。