《仙剑奇侠传三》的故事发生在《仙剑》第一代的五十年前。那时，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿；而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙。事情的起因，源于锁妖塔顶端突然坍塌、封印被解除。但更深层的因果，却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐生出惺惺相惜之意。重楼提出要在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下。飞蓬碍于神界天规犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而应允。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动天庭。天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间，由此落败。光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬入人间，经过多次转世，成为渝州城永安当的小伙计景天，他虽身份平凡，内心却渴望成为蜀山大侠。同时，重楼自魔界窥探人间，发现飞蓬的转世竟如此卑微，于是滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，取走了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。在渝州城，景天与唐门大小姐唐雪见因随身玉佩的彼此吸引，以一场“热闹而又尴尬”的方式相识，成了一对欢喜冤家。其实雪见和景天正是彼此的有缘人，且都来历不凡，身藏几世的秘密。重楼寻到景天向他发起挑战，并将魔剑交付于他，从此彻底改变了景天的生活轨迹。起初，景天被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门与霹雳堂的争斗之中。随着雪见家族的剧变，二人阴差阳错地步入江湖的血雨腥风，并结识了蜀山大弟子徐长卿及其未婚妻紫萱，以及一直隐藏在魔剑中、化身鬼魂的姜国公主龙葵。等待这群人的，将是更加惊险的前程与重大的责任，一场跨越千年的恩怨情仇正徐徐拉开帷幕……