康熙十九年，历时七年的平定“三藩”叛乱之战取得决定性胜利，康熙皇帝在养心殿大宴百官，气氛热烈。席间，施琅起身奏请：国家尚未完全统一，此时庆祝为时尚早，建议平叛军队全线东移，大兵压境以解决台湾问题。然而，这一奏疏却遭到了朝臣的反对。康熙二十年，台湾局势风云突变。侍卫冯锡范与唐妃相互勾结，不仅在台湾北园别馆制造骨肉相残的悲剧，更挟持年幼的延平王郑克塽以掌控台湾大权。他们持海自固，多次拒绝清廷的招抚与和谈，阴谋“自立乾坤”。在这风雨飘摇之际，年迈的董太妃凛然宣布：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！”与此同时，从台湾潜入京城的朱霖与阿鳗，穿街走巷潜行至施琅府邸，将一封信匆匆交给施世伦后便消失在夜幕中。当晚，两人均被九门提督捕获。次日，午门贴出木榜告示：经刑部审议，明日将斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯十分震惊，毅然以内大臣的身份闯入刑场。这接连发生的“台湾奸细案”与“施琅闯刑场案”惊动了朝廷，康熙皇帝发下谕旨，命在刑部审讯施琅，并宣谕贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官。九月五日，施琅被押进刑部大堂，他大声呼喊：暗通关节者朝廷确有其人，但绝非施琅，而是贝勒奈溚！说罢从怀中掏出一封书信高声展示，正是两年前贝勒奈溚写给台湾冯锡范的密信，信中竟允诺台湾“自立乾坤”。恰逢康熙皇帝突然驾临，令刑部大堂众人全数惊呆。康熙皇帝怒斥：“谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，以此剑为例！”施琅与奈溚由此结下私仇。内大臣施琅提出的“因剿寓抚、以战逼和”的对台方略，得到了朝廷重臣李光地等人的支持，更获康熙皇帝高度赏识，被起用为福建水师提督。施琅奏请侍卫吴奇爵同行并获得皇帝恩准。施琅赴福建上任的消息，引起了台湾冯锡范自立乾坤的主要追随者洪旭等人的不安与惊恐，密议应对之策，数日后刘国轩率军出征前往澎湖，企图以武力决一胜负。康熙二十一年三月，施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生了全面分歧。同年八月，康熙皇帝在“御门听政”早朝中，将“进军澎台”的专征权正式授予施琅。出征前夕，施琅将全家十几名少不更事的孩子分别派送至各条战船，以此昭示破釜沉舟的征战决心。康熙二十二年六月，施琅指挥三百余艘战船、三万多名将士从铜山港出发，乘南风之势进军澎湖。澎湖决战历经五个时辰的激烈鏖战，最终以清军大获全胜告终。澎湖失守、水军覆没，台湾顿失屏障。延平王召集百官商议台湾去向，百官批驳了“血战到底”的主张及洪旭的“弃岛计划”，认同了刘国轩“议和则保全，再战必覆灭”的观点。年幼的延平王郑克塽在关键时刻果断决定，由刘国轩负责与清廷议和。八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭；八月十五日，台湾归清的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕了康熙皇帝对台湾归顺的圣诏；八月二十二日，施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然。康熙二十二年十一月，鉴于台湾权力移交已顺利完成，施琅及其船队顺利返回厦门。郑克塽被清廷授予爵位，其亲属亦被授予三品、四品官职，刘国轩则被授予天津总兵。康熙二十三年四月，皇帝下诏在台湾设一府三县，并下令屯兵镇守。施琅继续留任福建水师提督。康熙三十五年二月，施琅病逝，享年七十六岁。