《12 Monkeys》（十二猴子）第二季重磅回归！承袭1995年经典电影版的宏大科幻设定，本剧继续讲述男主角科尔被派往过去，试图阻止“十二猴子军”研制致命病毒，以挽救未来因瘟疫惨死的大部分人类。在第二季的复杂时间线中，科尔与来自未来的瑞丽展开了更为惊险的时空穿梭。瑞丽穿越而至奉命刺杀关键人物詹妮弗，但科尔以真情打动詹妮弗交出病毒并将其销毁，未来世界随之发生剧变。由于科尔拒绝杀人，瑞丽只能带着拉姆齐返回未来。然而，新未来仍旧饱受灭世病毒的威胁，琼斯推断是信使穿越回过去制造了这场瘟疫。与此同时，2016年的科尔与詹妮弗入住艾默生酒店，却意外得知科尔曾在1944年买下了这里的房间。詹妮弗受到神秘力量的精神操控，竟似乎能够预知科尔的未来。在另一条时间线上，拉姆齐惊觉自己的儿子依然存活，而琼斯则遭到了神秘“女儿军团”的绑架。随着剧情的深入，幕后黑手“见证者”逐渐浮出水面。他命令奥利维亚协助瑞丽，反抗者遭到了冷酷的惩处。詹妮弗指引瑞丽穿越回2016年寻找另一个“基数”，试图借此阻止十二猴军团毁灭时间线。在此期间，迪肯冷酷处决反叛者，科尔却将其出卖给敌人；詹妮弗深陷童年精神创伤的泥沼，回忆起母亲试图将她溺死在浴缸里的恐怖经历。命运的齿轮不断咬合，瑞丽得知凯尔亦是基数之一，不久后她不幸被捕并接受了十二猴军团的洗脑洗礼。詹妮弗在见证者的预言中惊觉自己注定死于2044年，在生死存亡的关头，她设法救出了瑞丽。在病毒、时间悖论与宿命预言的交织下，人类究竟能否打破灭世的循环，改写绝望的未来？