南宋末年，杨康之子杨过（陈晓 饰）自幼流落江湖，于偶然之中被故人郭靖（郑国霖 饰）与黄蓉（杨明娜 饰）夫妇收留。然而，杨过虽具备极高的武学天赋，却生性顽劣，四处招惹是非并闯下大祸。郭靖夫妇无奈之下，只得将他送往全真教，期盼道门名师能予以严加管教。难以忍受全真教苛刻森严的教规与苦不堪言的日子，杨过决意出逃，却在误打误撞之中闯入了禁地活死人墓。在那里，他邂逅了恍若天人的小龙女（陈妍希 饰）。就此，杨过拜入小龙女门下成为其徒弟，潜心修习古墓派武功。随着时光推移，朝夕相处的两人渐渐萌生了超越师徒之上的刻骨铭心之恋。然而，赤练仙子李莫愁（张馨予 饰）的闯入打破了古墓的宁静，致使杨过与小龙女被卷入了剪不断理还乱的江湖纷争。此时蒙古铁骑即将南下，郭靖等中原武林人士难以匹敌，关键时刻，杨过与小龙女无意中卷入纷争，合力打败了金轮国师。但好事多磨，两人多次聚散，在经历了武林大会、襄阳鏖兵、绝情幽谷等重重险境后，更是被迫迎来了漫长的十六年生离死别。痴情的杨过终于在绝情谷底找到了大难不死的小龙女，二人携手重返世间。此时蒙古正调集人马猛攻襄阳，杨过力战击败金轮法王，并以飞石击毙蒙古皇帝蒙哥，为襄阳保卫战立下首功。战事平息，杨过与小龙女告别郭靖等人，带着神雕，悠然远去。