隋朝末年，天下大乱。各路诸侯自立为王，烽烟不断，百姓惨遭荼毒。十三个出身迥异的平民百姓，皆被这乱世逼入绝境。历经无数腥风血雨，他们怀揣家仇国恨遁入空门。然而，黑暗势力依旧步步紧逼，在死亡的阴影下，他们为求自保苦练武功。最终，为了天下太平，这十三位少林武僧挺身而出，救护明君李世民，一举消灭了凶残的王世充，谱写了一曲气壮山河的英雄壮歌。太尉王世充野心勃勃，企图篡位夺权。他挟持幼主杨侗，大肆屠杀异己，视天下武林人士为极大威胁，悍然下达“禁武令”。其侄子王仁则与义子王仁义武功高强，充当其鹰犬。短短一月之内，洛阳地区的神剑山庄、白猿圣手、霸王枪、龙爪派、银钩门等武林门派几乎被扫除殆尽！最终，这股肃杀之风指向了与世无争的方外净地——少林寺。昙宗乃少林寺武术总教头，武功冠绝武林。王世充为收归己用，命王仁则强邀昙宗，并设下“板凳阵”、“机关”、“蒺藜阵”等重重考验，欲聘其为府中首席教头。无奈昙宗一心向佛，淡泊名利，婉言谢绝。王世充恼羞成怒，竟将八年前谋害江都督造张衡一家的灭门血案嫁祸给昙宗。此举致使张衡长子张天保背负暗器箱夜闯少林，暗放毒蛇，三番五次欲置昙宗于死地。王世充还买通卖艺人佟锐、佟铃兄妹，设下夺命陷阱，百般迫害。为填充金库，王世充又假公济私抄没洛阳首富高达一家，杀害高家三十六口，吞没所有产业，唯独高家浪荡公子高飞扬侥幸逃脱。为报血海深仇，高飞扬深山学艺。面对王世充的无情追杀，慌不择路的高飞扬闯入魏王李密军营，结识了憨厚的大块头九斤与一代枭雄程咬金。岂料李密后竟投靠王世充，高飞扬遂随程咬金、秦琼及九斤委曲求全，寄身虎穴，于危机四伏中艰难求生。佟锐、佟铃兄妹本在洛阳卖艺为生，怎料王仁则好色蛮横，处心积虑欲霸占佟铃。幸得朴实农民周锦福相助，暂避一劫。佟铃与兄长失散后住进周家，两人日久生情论及婚嫁，却意外撞见兄长。佟锐反对婚事之际，佟铃再次被王仁则掳走，她抵死不从，被迫自尽。王仁则的恶行令佟锐、周锦福痛恨不已，两人虽武功不济，却毅然滋生报仇之念。此时，王世充疏于政事，听信江湖术士桓法嗣谗言残害忠良。桓法嗣表面辅佐，实则欲加速其灭亡。乱世之中，昙宗敏锐察觉烽烟四起，为保寺济民，他创立了由八卦、五行组成的“罗汉奇门棍阵”。此阵需齐聚十三人，昙宗边躲避追杀边寻觅可造之材，历尽艰险，终收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、术士桓法嗣、嗜武如狂的姚汉武、憨直马弁九斤、改邪归正的王仁义，以及少林寺僧丰、僧满、道广、智守与昙宗本人，终成十三棍阵！其实，张天保与王世充之女王玉凤青梅竹马，早有婚约。当年王世充为邀宠隋炀帝杀害张衡全家，长子张天保逃脱，而王世充却别有用心地留下其弟张天永，改名“王仁义”。一场情人诀别、兄弟争斗的悲剧就此上演，令人刻骨铭心。李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳。王世充守城不出，两军隔河对峙。李世民率秦琼、程咬金微服渡河刺探军情，不料被王仁义擒获。王仁义立功后野心膨胀，欲先做郑国驸马，再除王仁则，最终推翻王世充以报家仇，可惜事迹败露。为促天下太平，昙宗自告奋勇率弟子冒死潜入洛阳营救李世民。师徒十三人冲进机关密布的天牢，展开殊死搏斗。随后，昙宗请缨率领弟子施展少林绝技，攀越城头直入王宫，劝王世充放下屠刀立地成佛。王世充执迷不悟，命禁军疯狂狙杀，好一场惊天地泣鬼神的恶战！历史证明，没有十三棍僧，便没有大唐王朝。唐军获空前大胜后，李世民封昙宗为“大将军”，邀其随军征讨。然昙宗清心寡欲，不愿为官，只愿归返少林，重整寺院，振兴武学。其高风亮节，不仅令李世民钦佩，更令世人永远景仰！