21世纪初，地球被哥斯拉夺走，人类被迫将部分同胞送往其他恒星系移居，然而此计划终告失败。当残存的人类满怀失意重返故土时，面对的已是历经两万年岁月巨变的地球。此时的一切动植物皆融入了哥斯拉细胞，整颗星球化为怪兽行星，而君临于此的，是身高超过300米的史上最大哥斯拉——“哥斯拉·地球”。怀着讨伐哥斯拉的强烈执念，主人公晴男与人类后裔种族“弗图亚”相遇。在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，晴男等人发现了仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器——机械哥斯拉的残骸。他们利用构成残骸的纳米金属启动了武装要塞都市“机械哥斯拉都市”，正式向哥斯拉·地球发起挑战。在此过程中，曾与人类共存的异星种族“比尔沙尔德”与人类之间的裂痕逐渐表面化。比尔沙尔德首领加尔格坚信“若要打倒哥斯拉，就要成为超越‘人’的存在”；而晴男则坚守“不可为了打倒怪兽而使自己变成怪兽，应该作为‘人’将其战胜”的信念。最终，晴男舍弃了打倒哥斯拉·地球的唯一机会，将加尔格杀死。与此同时，晴男的青梅竹马优子也因比尔沙尔德强制进行的人体纳米金属化实验，而陷入脑死状态。战败的虚无感在人类之间蔓延。另一异星宗教种族“埃克西弗”的大司教梅特菲斯，却将晴男在战斗中存活一事宣扬为奇迹，借此大肆增加信徒。米亚娜和玛伊娜对埃克西弗的举动充满警惕，因为这背后隐藏着埃克西弗企图利用人类对科技的依赖与宗教信仰来控制人类的黑暗阴谋。面对重重迷雾与绝境，晴男不禁深刻自问，人类真正的未来与救赎究竟在何方。