日暮戈薇是一名就读于国中三年级的15岁普通少女。某日，她偶然通过家中神社的食骨之井穿越时空，来到了500年前的日本战国时代。彼时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木下，邂逅了被封印长达五十年的半妖——犬夜叉。时光倒流回五十年前，意欲变成真正大妖怪的犬夜叉，为了得到能实现愿望的四魂之玉，结识了负责守护与净化四魂之玉、拥有强大灵力的巫女桔梗。命运的红线牵引着两人，在不断的相处与相互了解中，他们发现了彼此粗鲁与孤高外表下同样的善良与孤独，最终坠入爱河。犬夜叉因此希望借助四魂之玉变为人类，而桔梗也打算在净化玉魂后回归平凡生活，与爱人相守终生。然而，悲剧就此拉开序幕。对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛，将灵魂和肉体出卖给众多妖怪，转生变成了邪恶的半妖奈落。在他的暗中挑拨与设计下，犬夜叉与桔梗误以为遭到对方的背叛。悲愤的桔梗用尽最后一口气将犬夜叉封印在御神木上，令其陷入永远的长眠；重伤的桔梗也在悲伤绝望中选择与四魂之玉一同火化，香消玉殒。五十年后，桔梗灵魂的转世——戈薇，阴差阳错地解开了犬夜叉的封印，却在与妖怪的战斗中不慎将四魂之玉射成无数碎片，散落于战国时代的各个角落。为了找回碎片，阻止奈落的阴谋，日暮戈薇与犬夜叉踏上了充满艰难险阻的旅途。一路上，他们先后结识了可爱单纯的小狐妖七宝、好色却法力高强的法师弥勒，以及勇敢坚强的退妖师珊瑚。一行人结伴同行，在这场跨越时空的幻想冒险中，共同迎接未知的挑战与宿命。