高中生我妻二郎是正统忍者末裔，自幼由祖父传授忍术，天生拥有与万物动物沟通的特殊能力。这份异于常人的天赋让他在学校被视作异类，常年遭受孤立排挤，只能在流浪猫狗、林间野兽身上寻得慰藉，习惯用忍术默默保护弱小生灵。一次进山救助受伤小动物时，二郎偶遇一只濒死黑猫罗睺。他不知黑猫真身是存活千年、被世人称作 “黑色凶星” 的上古物怪。罗睺本在深山沉睡，遭反派暗影一族强行唤醒，对方妄图吞噬它的妖力称霸现世，罗睺不肯臣服，一路负伤逃亡。暗影怪物追杀而至，二郎执意护住罗睺，被首领 “夜” 重创濒死。眼看少年生命流逝，罗睺不愿辜负这份唯一不带贪欲的善意，舍弃吞噬人类恢复力量的捷径，将自身千年本源妖力尽数注入二郎体内，一人一妖灵魂共生、融为一体。融合后的二郎同时掌握家传忍术与漆黑妖力，瞬间击溃追兵。这场激战惊动专门管控、清除物怪的国家秘密机构公仪隐密局。工作人员将二郎带回总部审查，知晓罗睺共生真相后，邀请他加入全新特种作战小队暗黑灯火，负责处理城市潜藏的作乱妖怪。小队搭档桐原零司信奉 “物怪皆为祸患，应当斩尽杀绝”，与二郎 “善恶不分人妖” 的理念截然相反，二人训练、外勤频繁冲突摩擦。同期入队的女队员雾切澪温柔理性，时常调和两人矛盾，成为小队缓冲。执行封印任务时，众人闯入江户时代遗留的地下封印设施，二郎与罗睺共享记忆幻境，揭开千年旧怨：当年强大物怪天鬼拉拢罗睺联手颠覆人间，遭到拒绝后，联手一众妖魔将罗睺长期封印，暗影一族正是天鬼遗留的残余势力，如今唤醒罗睺只为完成当年未竟的野心。天鬼亲自现世来袭，以屠杀普通民众要挟罗睺归顺。为保全二郎与城市百姓，罗睺假意脱离共生、顺从天鬼，暗中把全部力量留存于二郎体内。失去妖力庇护的二郎一度陷入绝境，在桐原零司、雾切澪与小队全员掩护下，领悟忍术与妖力融合的全新招式。二郎循着气息找到天鬼据点，唤醒蛰伏在自身血脉里的罗睺灵魂，一人一妖心意相通合力作战。桐原零司放下对物怪的偏见，主动断后阻拦杂妖；雾切澪破解据点幻术阵法，为二人创造决战机会。最终二郎以忍法黑炬斩击溃天鬼，彻底根除暗影一族千年祸根。风波平息，公仪隐密局重新修订人与物怪共处条例，不再一刀切猎杀所有妖怪。二郎继续留在暗黑灯火小队执行任务，罗睺常化作黑猫陪伴在他身边，昔日互相敌视的桐原零司与二郎成为并肩挚友。少年忍者与千年妖猫彼此救赎，行走在都市阴影之中，化作守护人间的一盏暗黑灯火。