三十年前未知侵略种降临地球，文明濒临覆灭，人类勉强守住小片生存区域，联合国成立特殊机构 EXCEEDS 专门清缴异兽、守护幸存者，八神疾风担任机构总督，高町奈叶与菲特作为高层战力坐镇总部，魔法与现代枪械结合成为对抗异兽的核心手段。故事主线落在远东岛国瑞穗的偏远离岛，少女久濑诗音以猎杀侵略种为生，唯一心愿是守护体弱的妹妹久濑刹那安稳度日。大批高阶异兽突然登陆小岛，普通猎手完全无力抵挡，姐妹二人陷入绝境，危急时刻奈叶、菲特带领 EXCEEDS 部队赶来支援，魔炮火力瞬间击溃异兽群。诗音见识到魔法力量与机构的庇护，为护住妹妹、守护岛上居民，主动申请加入 EXCEEDS 训练。她没有正统魔法底子，只能靠枪械搭配简易增幅魔导器作战，训练期间常被出身正规魔导世家的学员轻视，多次比试受挫，却凭借强悍求生意志快速成长。神秘少女夜海托瓦带领一批独行魔法人四处行动，行事偏激，为消灭异兽不惜波及无辜平民，屡次和 EXCEEDS 行动产生冲突，暗中截留异兽核心资源，与诗音小队多次爆发对峙。托瓦背后藏有过往创伤，当年家园被异兽屠戮，极端心态让她排斥一切官方组织。城内出现变异巨型母体异兽，能不断分裂衍生小怪，普通枪炮与常规魔法无法造成致命伤害，多地居民区接连沦陷。奈叶、菲特开启全功率魔导武装正面牵制，疾风演算异兽弱点规划战术，诗音抓住母体破绽，搭配特制穿魔弹药完成关键一击，彻底根除灾害源头。部分高层官员忌惮魔法战力，暗中削减 EXCEEDS 物资供给，勾结黑市倒卖异兽材料牟利，还散播谣言抹黑奈叶三人，试图架空机构权力。诗音收集官员交易证据，联合基层队员当众揭穿阴谋，腐败官员全部遭到革除查办。相处过程中，诗音解开与托瓦之间的矛盾，理解对方的痛苦过往，二人放下对立联手清缴残存异兽。刹那觉醒微弱治愈魔导天赋，成为小队后勤关键，能快速修复作战人员伤势。全境异兽威胁彻底平息，人类得以拓展生存领地，EXCEEDS 持续驻守各地维持秩序。久濑姐妹留在瑞穗小岛兼顾守护与日常，奈叶、菲特、疾风依旧执掌机构，新旧两代魔法战士并肩守护这片历经浩劫的世界，魔法不再只为战斗，成为守护普通人安稳生活的力量