高中生侦探工藤新一在一次追踪黑衣组织的可疑交易时，不幸被背后的同伙击晕，并被灌下神秘毒药。醒来后，他震惊地发现自己竟退化成了小学生的模样！为了保护身边的人免遭黑衣组织的毒手，新一在阿笠博士的建议下隐瞒真实身份。阿笠博士不仅为他量身打造了各种间谍道具，更在他遭遇青梅竹马的毛利兰追问行踪时，情急之下化名为江户川柯南。此后，柯南寄宿在毛利兰家中，借由其父亲——私家侦探毛利小五郎办案之便，暗中追查黑衣组织的蛛丝马迹，期盼有朝一日能找回解药、恢复原状。与此同时，柯南在小学结识了步美等同伴，众人一同组建了少年侦探团。表面上看似普通孩童的他们，实则不断卷入各类案件之中。面对谜团重重的黑衣组织，小小侦探江户川柯南的破案之旅正式拉开帷幕！
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