《河神之渡阴》从民国年间一条叫阴水河的渡口开始，沈渡是镇上最后一代河神传人，他爷爷老河伯在七月半那天跳进河里再没上来，只留下一只铜铃和一句遗言，渡阴不渡人。沈渡本来不信鬼神，他在省城读洋学堂，回来只想卖掉老宅，可他一进镇就发现河水变成墨色，岸边漂着纸人，每个纸人脸上都写着镇里活人的名字，风一吹纸人嘴巴一张一合，像在念名单。阿灵是沈渡的童养媳，她从小跟着老河伯学撑渡，她说河底有东西在收名字，收满一百个就要开鬼门，现在已经有九十九个。柳娘是镇上开茶馆的寡妇，她男人三年前渡河失踪，她每天往河里倒茶，说这样能让亡魂认路，可茶水倒进去，河面浮上来的却是黑发。水生是沈渡的同学，他在镇公所当文书，暗地里帮军阀倒卖文物，其中一件就是从河底捞上来的镇河印，印上刻着将军两个字。秦九是游方道士，他看出沈渡身上有河神血，逼他接手渡阴的差事，说你不渡，河就自己渡，到时候死的不止一百个。沈渡不信，直到他看见爷爷的鬼魂站在渡船上，铜铃一响，河面裂开一条路，路上走着几十个穿寿衣的人，每个人都在喊自己的名字，沈渡听见柳娘男人的声音，听见阿灵爹的声音，还听见一个孩子在哭。沈渡终于明白，阴水河底下压着一座古墓，墓主人是个被活埋的将军，他要凑够一百个名字复活，而镇河印就是钥匙。柳娘的男人是第一个被收走名字的人，阿灵的爹是第二个，水生手里那枚镇河印已经被军阀的人盯上。沈渡决定渡阴，他穿上爷爷的蓑衣，摇着渡船进河底，阿灵在船头点灯，秦九在岸上敲锣，柳娘把茶馆所有的茶倒进河里，水生偷出镇河印追到岸边。他们在墓道里找到将军的棺材，棺材盖上刻着沈家三代人的名字，原来老河伯不是逃了，是把自己名字留在棺材上，堵住了将军一半的魂。沈渡用铜铃震碎镇河印，水生的船被暗流掀翻，柳娘跳进水里把镇河印捞起来交给沈渡，阿灵用灯火烧断缠住沈渡的水草。将军的鬼魂扑过来，阿灵挡在前面，沈渡把铜铃按在棺材上，喊出自己名字，说要渡就渡我。河水突然倒流，将军的魂被铜铃吸进去，沈渡倒在船头，阿灵把他拖回岸边。天亮时阴水河变清了，柳娘男人的尸体浮上来，水生被镇公所抓走，秦九把铜铃挂在渡口老树上，说以后不用再敲了。在《河神之渡阴》里，沈渡、阿灵、老河伯、柳娘、水生、秦九和古墓将军这些名字像河底的石头，水涨时看不见，水落时全露出来。这部电影把民俗恐怖和家族宿命编成一张网，让每一次渡河都像在阴阳之间走钢丝，观众看着沈渡从不信到不得不信，会明白有些东西不是迷信，是上一辈人用命堵住的窟窿。《河神之渡阴》最后没有把河神拍成神仙，而是拍成一个又一个普通人跳进水里，把名字留下来，让活着的人还能上岸。